Лана і Ліллі народилися в польсько-американській сім'ї в місті Чикаго. Їхня мати була медсестрою, а батько — бізнесменом. За словами Вачовські, їхній батько був атеїстом, а мати — колишньою католичкою, яка перейшла в шаманізм. Своєрідна релігійна атмосфера в родині вплинула на майбутню творчість дуету.
Вачовскі закінчили початкову школу в Чикаго, громадську школу Вітні Янг (англ. Whitney Young High School). Вони брали участь в шкільному театрі і на шкільному телебаченні, але завжди були за сценою. Згодом Ліллі вступила до коледжу Емерсон в Бостоні, а Лана — в Бард-коледж в північній частині штату Нью-Йорк. Вачовскі пішли з коледжів, не закінчивши навчання. Після цього вони зайнялися будівельним бізнесом і почали розробляти ідею фільму «Матриця». До шоу-бізнесу працювали теслями в Чикаго, у вільний час створюючи комікси.