Шіон Соно виріс біля затоки Мікава. Його дитинство пройшло під знаком особливої суворості батьків, «мало схильних до щастя».
Свої перші вірші Шіон Соно опублікував у віці 17 років, згодом вступив до університету Хосей в Токіо. Саме там він почав знімати фільми, в першу чергу короткометражки. 1987 року фільм «Квітковий шлях чоловіка», у якому він був співавтором, режисером та зіграв головну роль, отримав четверте місце на кінофестивалі Піа. Ця нагорода разом із грантом дозволила йому зняти свій перший повнометражний фільм «Велосипедні зітхання» (Jitensha toiki), який фийшов на екрани 1990 року
Паралельно з режисерською кар'єрою Сіон Соно активно брав участь у русі Tokyo GAGAGA, лідером якого він був. Рух проводив свої акції на вулицях Токіо. Протягом багатьох днів учасники групи проводили демонстрації з декламацією віршів, висловлюючи таким чином дискомфорт токійського суспільства 1990-х років. Саме з цією групою молодих людей Сіон Соно зняв 1995 року «Поганий фільм», проект, який з фінансових причин на деякий час залишиться незавершеним: монтаж буде закінчено аж 2013 року.
Режисер залишався вірним своїм першим поетичним і антиконформістським поривам, які й зробили його неповторним режисером. Не вагаючись він вставляв у свої фільми вірші або робив їх тривалістю чотири години (пор. Викриття кохання).
Сіон Соно одружився з акторкою Мегумі Кагуразака, яка знялася у понад десяти його фільмах, зокрема у фільмах «Холодна риба»» (2010) та « Винен у романі» (2011).
