Жан-П'єр Жене народився 3 вересня 1953 у місті Роанні (Франція, департамент Луара).
Жене придбав свою першу камеру у сімнадцятирічному віці і знімав короткометражні фільми, навчаючись анімації у «Сінематіон Студіос». Режисерської освіти не отримав.
Наприкінці 1970-х Жене потоваришував з Марком Каро, дизайнером та художником коміксів, котрий надовго став його співрежисером.
У 1995 році був членом журі Венеційського кінофестивалю.
Одружений з Лізою Салліван.