Енн Жаклін «Енні»" Гетевей народилась у Брукліні (Нью-Йорк) у родині адвоката Джеральда Гетевея й акторки Кейт МакКолі. Родина Гетевей має ірландсько-французьке походження з домішками німецької та індіанської крові. Була названа на честь дружини Вільяма Шекспіра; з дитинства мати передавала Енн свій інтерес до акторського мистецтва. Одночасно Енн та її братів (Майкла і Томаса) виховували в суворих католицьких традиціях, тому якийсь час Енн мріяла присвятити своє життя церкві, ставши черницею, але відмовилась від ідеї, оскільки католицька церква не сприймає негетеросексуальних людей — таких, як її старший брат Майкл.
З шести років жила у штаті Нью-Джерсі, де навчалася у середній школі селища Міллберн, в якій вперше виступила на сцені, граючи у численних шкільних спектаклях. Мати помітила хист Енн до театральної гри, але наполягла, щоб донька спочатку здобула освіту. У віці восьми років вона була вражена грою своєї мами у мюзиклі «Знедолені», де та зіграла роль Фантіни, однак батьки не дозволяли їй думати про акторську кар'єру. Після цього мати покинула акторську діяльність, аби присвячувати час вихованню дітей. Оскільки католицизм вважався цінним у родині, Енн Гетевей мріяла в дитинстві стати черницею, однак акторство було більшим пріоритетом. Її родина полишила католицьку церкву в замін на єпископальну, оскільки та приймала гомосексуальність, однак зрештою її також покинули.
Гетевей вступила до коледжу Vassar у Покіпсі, а згодом навчалася при Нью-Йоркському університеті в школі «Gallatin School of Individualized Study», одночасно беручи участь у розважальній програмі Barrow Group Theater Company's, де була єдиним підлітком. Також у шкільні роки Енн проявила вокальні здібності — вона має сопрано і у 1998 році двічі виступала в Карнегі-Голлі з хором коледжів східних штатів (All Eastern US High School Honors Chorus). Вона навчалась в Американській академії драматичного мистецтва. Вона провела декілька семестрів, вивчаючи політологію у Вассар-коледжі у містечку Пукіпсі, перш ніж перейти до Галлатинської школи індивідуалізованного навчання Нью-Йоркського університету.
