Том Гупер народився в Лондоні у 1972 році в сім'ї Мередіт та Річарда Гуперів. Мередіт була австралійською письменницею і викладачем, а Річард англійським бізнесменом. Освіту Гупер отримав в Гайґейтській (Highgate School) та Вестмінстерській школах (Westminster School). У віці 12 років він прочитав книгу «Як створити фільм і телесеріал» (How to Make Film and Television), після чого вирішив стати кінорежисером. Вже у 13 років Гупер зняв свій перший фільм «Runaway Dog» на 16 мм камеру Bolex, яку йому подарував його дядько. Сам режисер класифікував свій короткометражний фільм про собаку, яка втікає від свого господаря, як комедію. Зйомки стрічки «Runaway Dog» проводились в Оксфордширі.
У віці 14 років, фільм Гупера «Bomber Jacket» був удостоєний другим місцем у конкурсі молодих кінематографістів від телеканалу Бі-Бі-Сі. У короткометражній стрічці брат Гупера грав роль хлопчика, який випадково знаходить заховані у шафі куртку бомбардувальника і фотографію свого діда, який загинув під час Другої світової війни.
Після закінчення школи, Гупер взяв академічну відпустку, аби написати сценарій і зняти 15-хвилинний короткометражний фільм під назвою «Розфарбовані обличчя» (Painted Faces). У 1992 році фільм було показано на британському телеканалі «Channel 4» і 35-му Лондонському кінофестивалі. Виробництво стрічки було частково профінансовано Полом Вайлендом. В університетському коледжі Оксфорда, де Гупер викладав англійську, режисер вступив до драматичного товариства Оксфордського університету (Oxford University Dramatic Society). Тут він зняв Кейт Бекінсейл у фільмі «Вид з мосту» та Емілі Мортімер у фільмі «Процес». Також режисер знімав телевізійні рекламні ролики, серед яких один на замовлення компанії Sega.
