Мартін Скорсезе народився у нью-йоркському районі Квінз (це було кримінальне місце). Його називали «Малою Італією», оскільки там жили вихідці з Сицилії. Його батьки — Лучано Чарльз Скорсезе (Luciano Charles Scorsese), прасувальник одягу та актор, мати — Кетерін Скорсезе (Catherine Scorsese), швачка та актриса, дівоче прізвище — Каппа (Cappa) — були ревними католиками.
Мартін Скорсезе збирався стати священиком. Для того навіть вступив до духовної семінарії, проте він її покинув задля навчання у Нью-Йоркському університеті, де вивчав англійську мову, літературу та кінематографію.
З трьох років Мартін страждав на астму, через це він не міг з однолітками гратись на дворі, тому тижнями сидів вдома. Проте він часто з батьками ходив до кінотеатрів, завдяки чому у нього розвинулась любов до кінематографа.
