Марк Аллегре народився у швейцарському Базелі 23 грудня 1900 року в сім'ї протестантського священика-місіонера Елі́ Аллегре (1865—1940), наставника й учителя відомого французького письменника і лауреата Нобелівської премії з літератури Андре Жіда. Жід був частим гостем в сім'ї Аллегре і вступив в гомосексуальний зв'язок з Марком, коли останньому було 15 років. Після цього Андре підтримував близькі стосунки з Марком упродовж кількох років і дуже хворобливо реагував на зближення Марка з режисером Жаном Кокто. Близькі стосунки Андре Жіда з Марком Аллегре закінчилися після їхньої спільної поїздки по Африці у 1926 році, коли Аллегре виявив, що жінки приваблюють його більше. Проте вони залишалися добрими друзями до самої смерті Жіда у 1951 році.
Марк Аллегре закінчив Школу політичних наук у Парижі, отримавши диплом з юриспруденції, але за фахом працювати не став. Під час поїздки до Африки з Андре Жідом у 1926-му році Марк проводив кінозйомку їхньої подорожі, цій короткометражні документальній стрічці він дав назву «Вояж у Конго» (Voyage au Congo, 1927); того ж року під тією ж назвою вийшов щоденник Андре Жіда, який він вів під час африканської поїздки. Після цього Марк Аллегре повністю присвятив себе кінематографу. Протягом кількох років працював асистентом у Робера Флорея і Огюста Женіна. Деякий час пропрацювавши асистентом, Аллегре почав знімати ігрове кіно. Слідом за ним в кінематограф прийшов і його молодший брат Ів Аллегре, що також став відомим режисером.
У перші роки звукового кіно (початок 1930-х) Марк переважно адаптував для кіно п'єси, що користувалися успіхом на сценах паризьких театрів: «Мамзель Нітуш» (за оперетою Флорімона Ерве, 1931), «Фанні» (за Марселем Паньолем, 1932).
У 1934 поставив фільм «Озеро дами» (та завів романтичні стосунки з виконавицею головної ролі Сімоною Сімон), у 1936 — «Очима Заходу». У співпраці зі сценаристами А. Жансоном і А. Каяттом, композитором Ж. Оріком, оператором К. Матра Аллегре поставив фільми «Буря» (1937) та «Грібуй» (1937). Друга світова війна перервала роботу Аллегре над фільмом «Корсар». Під час окупації Франції Аллегре зняв кілька комедій, серед яких «Фелісі Нантей» (1943) та «Крихітки з набережною квітів» (1944), де дебютував Жерар Філіп. Після війни зняв фільм «Петрюс», у якому знуву знялися разом Сімона Сімон і Фернандель, а потім зняв три стрічки у Великій Британії.
На відміну від брата Іва Аллегре, який знімав гостросоціальні стрічки, а також екранізував відомих письменників, таких як А. Камю або Е. Золя, Марк Аллегре був фахівцем у «легких» жанрах. Свої найкращі фільми режисер зняв у 1930-і роки, у післявоєнний же період у його кар'єрі помітних успіхів не було. Мелодрами, комедії, водевілі Марка користувалися великим успіхом у прокаті, в них знімалися практично усі «зірки» французького кіно 1930-1960-х років. Фернандель починав кар'єру в перших стрічках Аллегре («Найкраща господиня», «Біле і чорне»), в «Зузу» з'явився молодий Жан Габен. Надалі Аллегре працював з Арлетті («Пригода в Парижі»), з Данієль Делорм («Крихітки з набережною квітів»), з Анні Жирардо («Любов — гра») і з Катрін Денев («Софі» в альманасі «Парижанки»).
Повернувшись до Францію з Великої Британії, Аллегре зняв у 1952 році документальний фільм «З Андре Жідом», у 1953 — «Жульєтта», де задіяв ціле сузір'я акторів — Жан Маре, Жанна Моро, Дані Робен. У 1955 поставив в Англії фільм «Коханець леді Чаттерлей», вперше екранізувавши скандальний роман Д. Г. Лоуренса «Коханець леді Чаттерлей». Головну роль у фільмі зіграла Даніель Дар'є. У Європі напередодні сексуальної революції ця стрічка викликала очікуваний інтерес, але її поява в пуританській Америці викликала небувалий скандал і судовий процес.
У 1960-і Марк Аллегре зняв кілька документальних фільмів, а потім — свій останній художній фільм «Бал графа д'Оржель», показ якого відбувся у 1970 році на відкритті 23-го Каннського фестивалю.
