Філіпп Фокон народився 26 січня 1958 року в місті Уджда на північному сході Марокко, де провів перші два роки свого життя. Наступні два роки жив в Алжирі, де його батько перебував на військовій службі. Отримавши ступінь магістра мистецтв в Університеті Екс-Марсель в Екс-ан-Провансі, він дебютував у кіно як менеджер-стажист, зокрема на зйомках фільмів Леоса Каракса («Погана кров», 1986), Жака Демі («Три квитки на 26-е», 1988), Рене Альо.
У 1984 році Філіпп Фокон дебютував як режисер короткометражною стрічкою «Молодь» (La Jeunesse). Перший повнометражний фільм Фокона «Кохання», зрежисований ним у 1990 році, брав участь та отримав нагороду в секції Перспективи французького кіно Каннського міжнародного кінофестивалю 1990 року.
Головною темою фільмів Фііппа Фокона стало тяжке становище мігрантів з різних країн світу. Такими були його фільми «Самія» (2000) та стрічка 2015 року «Фатіма», за яку режисер був номінований на кінопремію «Люм'єр» 2015 року за найкращий сценарій. Фільм також отримав 4 номінацію на здобуття у 2016 році премії «Сезар», зокрема у категорії за найкращий фільм; Філіпп Фокон отримав нагороду за Найкращий адаптований сценарій.