Точні дата й місце народження Іді Аміна невідомі. Найчастіше біографічні джерела повідомляють як дату його народження 1 січня 1925 або 17 травня 1928, а місця народження — Кампалу або Кобоко. В принципі, ані сам Амін, ані його сім'я не пам'ятали точних відомостей про обставини його народження. За угандійським дослідником Фредеріком Гуведекко, при народженні Аміну було дано ім'я Іді Аво-Онго Ангу Амін. Уже в перший тиждень життя Іді Амін важив майже п'ять кілограмів, а в зрілому віці досягав ваги 110 кілограмів за зросту 1,92 м.
Батьки Аміна походили з племен каква й лугбара. Мати майбутнього диктатора, Асса Аатте (1904—1970), згідно з офіційними джерелами, була медсестрою, проте самі угандійці стверджують, що вона була однією з найвпливовіших чаклунок країни, що лікувала багатьох представників племінної знаті лугбара. Батько Аміна Андре Ньябіре (1889—1976), спочатку католик, 1910 року перейшов у іслам. Хоча батько розійшовся з матір'ю та дитиною невдовзі після народження Аміна, останній з власної волі прийняв іслам в шістнадцятирічному віці. В 1941 році протягом короткого часу Іді Амін відвідував мусульманську школу в Бомбо, де вивчав Коран. Судячи зі спогадів майбутніх братів по зброї Аміна, ця обставина не завадила йому залишитися неписьменним до кінця 1950-х років.
