Криштоф Кесльовський народився 27 червня 1941 року у Варшаві. Сім'я батька Романа Кесльовського походила з Волині, а мати Барбара (до шлюбу Шонерт) походила з Бидгоща. Його батьки одружилися у Варшаві на початку вересня 1939 р. Батько Роман був хворим на туберкульоз інженером-будівельником, а мати, Барбара, працювала на державній службі. Його родичем був Феліціян Славой Складковський.
На ранній стадії свого життя Криштоф Кесльовський мав захворювання легенів, тому його батьки їздили з ним у санаторії. Сім'я часто міняла місце проживання, і найчастіше Кесльовські мешкали в Стшемешицях (нині район Домброва-Гурнича) в Заглемб'є-Домбровському та в Соколовсько в Нижній Сілезії. Закінчивши середню освіту, Криштоф Кесльовський відвідував пожежну школу у Вроцлаві, яку покинув через півроку.
У 1957 році Криштоф Кесльовський за порадою батьків розпочав освіту в Державній середній школі театральної техніки у Варшаві, де директором був його дядько. Під час навчання, яке тривало до 1962 р., він був костюмером для таких акторів, як Тадеуш Ломницький, Александер Бардіні та Збігнєв Запасєвич. Закінчивши школу, він хотів стати театральним режисером, але не міг розпочати навчання в цій галузі, оскільки не був випускником вищої школи. Саме тоді він вирішив вивчати кінорежисуру у Державній кіношколі в Лодзі, куди був прийнятий з третього разу. У 1968 році закінчив кіношколу, а в 1970 році отримав диплом.
Під час навчання в 1967 році він одружився з Марією Каутильйо. У 1972 році у них народилася дочка Марта.
