Джюн'їчі Масуда народився 12 січня 1968 року в Йокогамі — адміністративному центрі префектури Канаґава, що в Японії. Будучи дитиною, він часто їздив з батьками відпочивати у регіон Кюсю, де досі живуть багато хто з його родичів. Там він багато часу проводив за ловлею риби та комах, що пізніше вплинуло на дизайн його ігор. Моделюючи Хоен, один з регіонів в іграх серії Pokémon, Масуда надихався саме дитячими спогадами про Кюшю, і намагався зробити ігровий регіон якомога більше схожим на справжній. У старшій Школі Масуда почав грати на тромбоні; він незабаром познайомився з класичною музикою, зацікавившись такими творами, як «Весна священна» і «Симфонія № 5» Шостаковича.
Масуда навчався в Японському коледжі електроніки — технікумі, розташованому в Шінджюку, де він вивчав комп'ютерну графіку та програмування на мові Сі, використовуючи комп'ютер DEC Professional. У вересні 2002 року у Масуди народилася дочка, яку він назвав Кірі на честь одного з персонажів Pokémon Ruby і Sapphire.